污水廠的消毒方式有很多種，加氯消毒，二氧化氯，次氯酸鈉，臭氧，紫外線燈。這些消毒方式在各個污水廠的設計中都有采用，消毒方式、限度原理各自不同，各自有各自的優缺點。污水廠的實際使用情況，包括從原料的采購，使用的便利性、安全性，使用費用等角度來看，越來越多的污水廠接受次氯酸鈉作為污水廠的消毒劑。

污水廠的出水必須經過消毒，這是由于城市生活污水中含有大量的微生物，其中包含對人類有害的細菌，原生動物的卵囊蟲及胞囊，蠕蟲，病毒等。眾多的有害微生物的檢驗工作量非常巨大，為了更快速的檢測污水中的有害微生物數量，把糞大腸菌群數作為污水廠的生物學危害的指標，污水廠在排出廠之前，要進行相應的流程，來把糞大腸菌群數降低到一定的指標范圍內，使污水中的有害微生物降低環境可接納，這就是污水廠的消毒。要注意污水廠的消毒不是滅菌，消毒是達到一定數量就可以了，滅菌是全部滅殺。